1. ระเบียบมหาวิทยาลัยฟาฏอนีว่าด้วยการจัดการศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา พ.ศ. 2558

ปีการศึกษา 2559 (2016)

1. ระเบียบมหาวิทยาลัยฟาฏอนี ว่าด้วยการบริหารการเงินและทรัพย์สิน พ.ศ. 2559

ข้อบังคับ

ปีการศึกษา 2555 (2012)

1. ข้อบังคับมหาวิทยาลัยฟาฏอนีว่าด้วยการประกันคุณภาพการศึกษา พ.ศ. 2555
2. ข้อบังคับมหาวิทยาลัยฟาฏอนีว่าด้วยการแบ่งส่วนงาน พ.ศ. 2555

ปีการศึกษา 2556 (2013)

1. ข้อบังคับมหาวิทยาลัยฟาฏอนีว่าด้วยการบริหารงานบุคคล พ.ศ. 2556
2. ข้อบังคับมหาวิทยาลัยฟาฏอนีว่าด้วยหลักเกณฑ์และวิธีการพิจารณาแต่งตั้งบุคคลให้ดำรงตำแหน่งทางวิชาการ พ.ศ. 2556

ปีการศึกษา 2557(2014)

1. ข้อบังคับมหาวิทยาลัยฟาฏอนีว่าด้วยครุยวิทยฐานะ เข็มวิทยฐานะ และครับประจำตำแหน่ง พ.ศ. 2557

คำสั่งสภามหาวิทยาลัย

ปีการศึกษา 2559 (2016)

1. คำสั่งแต่งตั้งคณะอนุกรรมการพิจารณากลั่นกรองหลักสูตรมหาวิทยาลัยฟาฏอนี
2. คำสั่งแต่งตั้งคณะอนุกรรมการกลั่นกรองแผนยุทธศาสตร์ และแผนปฏิบัติงานประจำปีมหาวิทยาลัยฟาฏอนี
3. คำสั่งแต่งตั้งเลขานุการสภามหาวิทยาลัยฟาฏอนี
4. คำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการกลั่นกรองผู้ที่สมควรได้รับปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาวิชารัฐศาสตร์
5. คำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการกลั่นกรองผู้ที่สมควรได้รับปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาวิชารัฐประศาสนศาสตร์
6. คำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการกลั่นกรองผู้ที่สมควรได้รับปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาวิชาประวัติศาสตร์และอารยธรรมอิสลาม
7. คำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการกลั่นกรองผู้ที่สมควรได้รับปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาวิชาชะรีอะฮฺ
8. คำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการกลั่นกรองผู้ที่สมควรได้รับปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาวิชาอุศูลุดดีน
9. คำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการกลั่นกรองผู้ที่สมควรได้รับปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาวิชาอิสลามศึกษา
10. คำสั่งแต่งตั้งคณะอนุกรรมการพิจารณากลั่นกรองงบประมาณ งบการการเงิน และรายงานทางการเงินมหาวิทยาลัยฟาฏอนี
11. คำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการกลั่นกรองผู้ที่สมควรได้รับปริญญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาวิชาการสอนอิสลามศึกษา
12. คำสั่งแต่งตั้งเลขานุการสภามหาวิทยาลัยฟาฏอนี